Month: December 2010

RNA 연구에서의 시퀀싱 활용 (시작)

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대용량 시퀀싱(high-throughput sequencing; 다음부터 시퀀싱)이 폭발적으로 널리 쓰이기 시작하고도 이미 한참 지나서, 네이처 주요 논문들의 그림 구성, Affymetrix 주가, 학회장의 질문들 어느 것 하나 예전과 같은 게 없어졌습니다. 그래서 이제 논문 읽을 때 유전체학이나 전사체학 용어와 개념에 익숙하지 않고서는 읽기 힘든 논문이 한 둘이 아니게 됐는데…

시퀀싱의 주요 수요처인 유전체 DNA 시퀀싱은 워낙 뻔하고 여기 저기서 늘 얘기하고 있는 것이니 넘어가고, 역동성이 넘치는(-O-) RNA 분야에서의 시퀀싱 활용에 대해서 대략 정리해 볼까 합니다. 한꺼번에 다 올리면 읽기 압박이 있으니 여러 회로 끊어서 찔끔찔끔 올리겠습니다~ (히히)

순서는 모두 9번으로 나눠서,Roblox HackBigo Live Beans HackYUGIOH DUEL LINKS HACKPokemon Duel HackRoblox HackPixel Gun 3d HackGrowtopia HackClash Royale Hackmy cafe recipes stories hackMobile Legends HackMobile Strike Hack

  1. RNA 시퀀싱 기본 지식
    1. Illumina mRNA-seq 프로토콜 대충 보기
    2. Illumina SRA 프로토콜 대충 보기
    3. 여러가지 RNA/DNA ligase
  2. RNA 프로파일링
    1. RT하는 방법에 따라 다른 것
    2. 조각내는 방법에 따라 다른 것
    3. CAGE, SAGE에서 파생된 프로파일링 기법들
    4. 작은 RNA 프로파일링
  3. 번역효율 측정하기: ribosome profiling
  4. RNA와 단백질의 상호작용 보기
    1. RIP-seq
    2. CLIP-seq (UV cross-linking and immunoprecipitation), PAR-CLIP
    3. miRNA 타겟 보기: Ago HITS-CLIP
  5. RNA 간의 상호작용 보기: CLASH
  6. RNA 잘리는 부분 알아내기: degradome sequencing
  7. RNA 2차구조 보기: Kertesz et al.과 FragSeq
  8. RNA 5′ 3′ 끝 알아내기: High-throughput 5’/3′ RACE와 PET
  9. mRNA 3′ UTR 끝 알아내기: 3P-seq

로 올리도록 하겠습니다. ^__^

(다음 시간에 계속~)