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대용량 시퀀싱(high-throughput sequencing; 다음부터 시퀀싱)이 폭발적으로 널리 쓰이기 시작하고도 이미 한참 지나서, 네이처 주요 논문들의 그림 구성, Affymetrix 주가, 학회장의 질문들 어느 것 하나 예전과 같은 게 없어졌습니다. 그래서 이제 논문 읽을 때 유전체학이나 전사체학 용어와 개념에 익숙하지 않고서는 읽기 힘든 논문이 한 둘이 아니게 됐는데...

시퀀싱의 주요 수요처인 유전체 DNA 시퀀싱은 워낙 뻔하고 여기 저기서 늘 얘기하고 있는 것이니 넘어가고, 역동성이 넘치는(-O-) RNA 분야에서의 시퀀싱 활용에 대해서 대략 정리해 볼까 합니다. 한꺼번에 다 올리면 읽기 압박이 있으니 여러 회로 끊어서 찔끔찔끔 올리겠습니다~ (히히)

순서는 모두 9번으로 나눠서,

1. RNA 시퀀싱 기본 지식
   1. Illumina mRNA-seq 프로토콜 대충 보기
   2. Illumina SRA 프로토콜 대충 보기
   3. 여러가지 RNA/DNA ligase
2. RNA 프로파일링
   1. RT하는 방법에 따라 다른 것
   2. 조각내는 방법에 따라 다른 것
   3. CAGE, SAGE에서 파생된 프로파일링 기법들
   4. 작은 RNA 프로파일링
3. 번역효율 측정하기: ribosome profiling
4. RNA와 단백질의 상호작용 보기
   1. RIP-seq
   2. CLIP-seq (UV cross-linking and immunoprecipitation), PAR-CLIP
   3. miRNA 타겟 보기: Ago HITS-CLIP
5. RNA 간의 상호작용 보기: CLASH
6. RNA 잘리는 부분 알아내기: degradome sequencing
7. RNA 2차구조 보기: Kertesz et al.과 FragSeq
8. RNA 5' 3' 끝 알아내기: High-throughput 5'/3' RACE와 PET
9. mRNA 3' UTR 끝 알아내기: 3P-seq

로 올리도록 하겠습니다. ^__^

(다음 시간에 계속~)