OpenLook.org

거의 한 해 동안 글을 안 썼습니다. 바쁜 일도 많았지만 안 쓰다 보니 안 들어오고, 안 들어오니 안 쓰고 순환의 연속으로... 크크. 그래도 여지껏 RSS 구독을 남겨두신 분들께 혹시 궁금하시면 요즘 어떻게 살고 있는지 알려드리려고 근황을 남겨둡니다.

올림푸스 E-P1 산 기념으로 시험 셀카;

작년 2월 말에 대전에서 졸업하고, 서울로 이사했습니다. 요즘은 낙성대역 근처에 삽니다. 보기보다 꽤 살 만한 동네입니다. 언덕이 많아 눈 쌓이면 매우 곤란한 점만 빼면. 처음 몇 달 간은 아침에 바삐 출근하는 사람들을 보기가 좀 갑갑했죠. 대전에선 하늘이 넓은 곳에서 여유롭게 돌아다녔는데 아무래도 서울은 좀 달라요.

직접(?) 구운 RNA 초코쿠키

작년 9월부터는 일하고 있던 연구실에서 박사과정을 시작했습니다. 2009년 2학기 시작이니까, 보통 4~5년 정도 한다고 생각하면 2013년이나 2014년 정도까지는 계속 학생입니다. (히히) 새로 옮긴 연구실은 microRNA라는 생분자를 연구하는 곳입니다. 실험실 분위기가 아주 좋아서 매일 출근하는 게 즐겁습니다. 지도교수님은 잘 모르는 분야의 얘기라도 호기심을 가지고 항상 관심있게 들어주시고, 학문적으로도 놀랍도록 식견이 있으시지만 인품도 모두가 내가 연구책임자가 되어도 저렇게 할 수 있을까 싶을 정도로 좋으셔서, 일할 수 있는 가장 좋은 환경에서 행복하게 일하고 있습니다. ^_^

일하는 척 설정샷. ㅋㅋ;

연구실에서 생물정보를 전공한 사람은 혼자라서, 여러 프로젝트에서 나오는 대용량 자료 처리는 대부분 맡아서 하고 있습니다. 그 덕에, 많은 사람들과 많은 연구주제에 동시에 참여할 수 있어서, 다양한 분야를 배울 기회가 됐습니다. 혼자하는 주력 연구로는 새로운 작은 RNA 발견을 위한 유전체학적 분석을 하고 있습니다. 돈도 많이 들고 유독물질과 방사능도 많이 접하게 돼서 원래 하던 일처럼 편하지는 않지만, 이제 실험도 어느 정도는 적응이 돼서 재미있게 하고 있습니다. 이히

공부하는 자리와 실험대. 사진 찍을 때는 HHKB였지만 지금은 Filco 쓰고 있어요. 파이펫은 길슨.

그리고 토요일마다 실험실원 여러 명에게 프로그래밍을 가르쳐드리고 있습니다. 요즘 생물 데이터가 워낙 대용량화되는 추세라서 뭘 하려면 정보의 흐름을 다루는 능력이 필요해서 다들 흥미를 가지고 참여하고 있습니다. 파이썬으로 하고 있는데, 전에 C++을 잠시 배운 적이 있었던 사람들이 "프로그래밍이 이렇게 재미있는 것인 줄 몰랐어요!"라고 합니다. 역시 파이썬! ㅋㅋ;

연구실 자리에서 보이는 바깥 풍경. 쭈욱 오르막이라 모두 가까이 보여서 좋음 +_+

주 5일제 하던 곳에서 주 6일제인 곳으로 옮기다보니, 사실 대전에서 서울에 왔어도 오히려 사람을 만날 수 있는 시간이 더 줄었습니다. 그래서 거의 모임이 있어도 못 가고, 점점 사회에서 떨어져서 산에 사는 사람이 되는 느낌이.. >_<.

저도 작년 예약판매할 때 아이폰을 샀습니다. 원래 아이팟 터치를 늘 친구처럼 데리고 다녀서 소지품 수를 줄이는 효과도 좋지만, 거의 생활을 완전히 바꿔놓은 놀라운 기계네요. 화장실에서 책을 안 읽게 되었다는 슬픈 단점도 있습니다만.. 크... 몇년간 IT 관련해서는 뭘 배운 것이 없었는데, 아이폰 프로그래밍도 조금씩 해 보고 있습니다. 꼭 뭐 만들어 봐야지! 히히

스탠포드 로댕 미술관 앞에서 실험실 동생과 동상 따라하기~

올해 초엔 처음으로 미국에 갔습니다. 아 말로만 듣다가 직접 가 보니 음식도 맞고 사람들도 괜찮고 좋네요. 다음에 또 가려면 열심히 연구해서 학회에 뭔가를 꼭 내야겠어요. (동기유발 효과가 불끈불끈) 콜로라도에 있는 키스톤 리조트에서 관련분야 학회에 참가한 뒤 샌 프란시스코에 갔습니다. 샌 프란시스코는 항상 날씨가 좋고 좀처럼 비가 오지 않는다는데, 제가 갔던 기간 중엔 폭풍우가 몰아치더군요.; 스탠포드 로댕 미술관. 그동안 미술관에 여러 번 갔지만 감동을 느끼기는 처음이었습니다. 작가가 그리면서 느꼈던 감정을 그대로 느끼는 듯한 감동! 이히히 다른 미술 전시회도 다시 가야 겠어요.

이제 봄 입니다. 돌아올게요. 종종 또 보아요!

두 표본 집단의 차이가 의미가 있나 알아볼 때 보통 t-검정을 많이 씁니다. t-검정에서는 값의 분포가 정규분포라는 가정이 있어서, 자료의 분포를 모르거나 정규분포로 바꾸기 매우 난감한 경우에는 t-검정을 할 수 없어서 비모수 검정을 사용하는데요, 이쪽으로 가장 인기있는 검정법은 아무래도 Mann-Whitney U test입니다.

어느날 MW-U로 재미나게~♪ 통계를 하다가~ 아니!! 결과가 엄청 편향되어 나오는 것입니다! 비모수라더니!! 마이크로RNA 마이크로어레이로 나온 결과를 분석하고 있었는데, 마이크로RNA가 염색체에서 떼로 몰려 있어서 한 놈이 올라오면 같이 우루루 올라오는 특성이 있다보니 군집이 엄청 큰 놈들에 의해 전체가 흔들려서, 아 무슨 좋은 방법이 없을까! 하다가 군집을 이룬 자료들에 쓸 수 있게 변형한 것 (Rosner and Grove, 1999, Datta and Satten, 2005, Haataja et al., 2009) 들을 발견했습니다. +_+

오.... 다 괜찮아 보이지만, 결국은 코드가 공개돼 있는 Datta와 Satten의 것으 로 해서 일단 결과를 뽑았습니다. 매우 만족스럽군요! ^_^

그런데 문제는 순수 R로 구현되어 있다보니 속도가 엄청나게 느려서, 자료가 별로 크지도 않은데 거의 2시간씩 돌려야 돼서 시험삼아 돌려볼 때도 마음을 크게 먹고 돌려야 해서, 바로바로 결과를 확인하는 재미가 없었습니다.

그래서 쭉 벼르고 있다가, 주말에 여자친구가 기말고사 공부해야 해서, 같이 공부하는 척 하느라 짬이 난 김에 C로 새로 코딩했습니다 (다운로드). R이나 SciPy같은데서 쉽게 쓸 수 있게 외부 의존성을 없애려고, Z-통계치에서 p-value구하는 부분은 빼서 의존성을 줄였습니다. 그냥 libm만 있으면 됩니다. (파이썬에서는 scipy.stats.norm.pdf를 써서 Z에서 p-value를 구할 수 있습니다.) 대략 돌려봤더니 2시간 걸리던게 30초로 줄었군요! 이히히 ^__^* 간단하게 컴파일한 다음에 파이썬에서 쓰려면 이렇게 쓸 수 있습니다~

import ctypes
cranksum = ctypes.cdll.LoadLibrary('./cranksum.so')
crs = cranksum.clustered_rank_sum
crs.restype = ctypes.POINTER(ctypes.c_double * 4)
freecrs = cranksum.free_clustered_rank_sum_result

def clustered_rank_sum(X, grp, cluster):
    N = len(X)
    ret = crs((ctypes.c_double * N)(*X), (ctypes.c_int * N)(*grp),
              (ctypes.c_int * N)(*cluster), N).contents
    r = {'S': ret[0], 'E.S': ret[1], 'Var.S': ret[2], 'z.stat': ret[3]}
    freecrs(ret)
    return r

X = [1,4,2,4,6,7,4,7,8]
grp = [0,1,0,0,1,1,1,0,1]
cluster = [1,1,2,2,2,2,0,0,0]
print clustered_rank_sum(X, grp, cluster)

으음.. R에 붙이는 것은... 아직 잘 몰라서... (나중에..;)

요즘 블로그에 통 글을 안 써와서 거의 폐가와 같이 되어 가고 있었는데요.. ^_^ 다름이 아니라, 제가 "이러면 좋겠다!"하고 생각해왔던 바로 그런 성격의 너무 좋은 분을 만나게 되어서 다른 곳에는 신경 쓸 시간이 없었네요. 이히히;

그래도, 1달에 1개 정도는 유지해 두고자;; 쌓아뒀던 코드 단편 하나를 올려 봅니다. 헤헤.

종종 아주 긴 리스트에서 자원관리를 하면서, 자원을 순차탐색으로 할당해야하는 경우가 있습니다. 주로 자원이 직접 사람이 쓰는 것이거나 해서, 순서대로 가는 것이 인지적으로나 쓰고 있는 자리가 모아지는 점에서 유리한 경우에 그런데요. 도서관 같은 곳에서 좌석을 배정한다거나, DHCP서버에서 IP 주소를 나눠준다거나, 순차적으로 나눠주는 큐 관리 시스템에서 작업을 나눠줄 빈 큐를 찾는다거나 생각보다 제법 많습니다.

이런 경우에, 10번째부터 순차검색하기 시작했으면 끝까지 돈 다음에 처음부터 9번째까지 돌아야 하는 것이 중심원리(?)인데요. 구현하는 방법은 물론 클래스 인스턴스가 최근 찾은 인덱스를 변수로 들고 있다가 그 인덱스부터 끝까지 한 번 돌리고, 처음부터 시작한 인덱스까지 다시 돌리는 방법이 가장 평범하겠습니다. 완전 순서대로 배정할 필요는 없고 대충만 맞으면 되는 경우다 싶으면, FIFO 큐 같은 것도 괜찮은데, 이걸 쓰면 시간이 지날 수록 여기저기 듬성 듬성 나와서 원래 목적과는 달라질 수도 있고요~

그래서 range 2번 돌리는 폼 안 나는(?) 코드 대신 보통 끊임없는 이터레이터에서 개수 제한하는 트릭으로 많이 쓰이는 zip을 섞어서 이렇게 하면 비교적 폼 나게(;;) 연속 검색이 가능한 순차검색이 되겠습니다~

from itertools import izip, cycle

def contiters(L):
    cycleiter = cycle(L)
    return lambda: (elem for elem, _ in izip(cycleiter, L))

# 여기부터는 테스트
itgen = contiters('abcdef')

g = itgen()
for i in range(3):
    print g.next(),
print

g = itgen()
for c in g:
    print c,
    if c == 'b':
        break
print

g = itgen()
for c in g:
    print c,
print

실행하면 이렇게 나옵니다.

a b c
d e f a b
c d e f a b

못 찾으면 전체를 한 번 돌고, 찾으면 거기서 중단하면 그 다음에 시작하면 거기서부터 시작합니다~

여기서 종종 마지막으로 돌았던 놈에서부터 다음에 찾을 때 시작하고 싶은 경우가 있는데요. 비슷한 것이 아쉬운 사례로, itertools.takewhile을 쓰면 처음엔 조건이 맞을 때까지 다 가져오는 것은 좋은데, 그 다음 원소를 가지고 오고 싶어서 .next()하면 이미 조건 맞는지 보려고 갖고간 바람에, 조건 안 맞는 것 가져오는 목적으로 그 다음 이터레이터를 쓰지 못하는 것이 엄청 불편합니다.

그래서 전에 찾았던 부분에서 다시 시작하도록 해 보자면~

from itertools import izip, cycle

def contiters(L):
    cycleiter = cycle(L)
    indicesnonfirst = xrange(len(L) - 1)
    def geniter(keeping=[cycleiter.next()]):
        yield keeping[0]
        for elem, _ in izip(cycleiter, indicesnonfirst):
            keeping[0] = elem
            yield elem

    return geniter

# 테스트 부분은 동일

네~ 좀 지저분하긴 해 졌는데요;; 실행하면 이렇게~

a b c
c d e f a b
b c d e f a

모르는 것을 보면 전혀 못 알아볼지라도 찾아보기 좋아하는 어떤 분(^_^)을 위해 용어에 좀 과도하게 링크를 걸었습니다 ^^;

어제는 작년에 한참 대치하던 이른바 "MB악법"들을 포함한 여러 법안이 직권상정되거나 소위를 통과했습니다. 미디어관련법개정안들과 FTA비준안이 진행되고 있는 데에 대해서 굉장히 유감이지만 다른 곳에도 글이 많기에 생략하고, 어제 직권상정된 저작권법 개정안들은 이번의 쟁점법안은 아니지만 오픈룩과는 관련이 많기에 정리해 봤습니다.

이번에 상정된 저작권법 개정안은 의안번호 1800400 진성호의원등 12인, 의안번호 1802291 강승규의원등 11인과 의안번호 1802888 변재일의원등 12인입니다. 앞의 둘은 지금 나뉘어 있는 컴퓨터프로그램보호법과 저작권법을 저작권법 하나로 통합해서 저작권법에서 컴퓨터 소프트웨어까지 관할하도록 하는 것이 주요 취지이고, 마지막 것은 FTA비준을 위해서 요구사항을 맞추는 것과 청소년 저작권 위반 처벌 완화에 대한 것입니다.

강승규의원외 개정안(강승규 정병국 진성호 백성운 안형환 김영우 배은희 조진래 김금래 조전혁 이달곤)에서 컴퓨터프로그램보호법이 통합되는 것은 특별한 변동사항은 없고 두 법이 통합되는 정도인데, 점점 콘텐츠 융합 추세로 컴퓨터프로그램과 일반저작권의 경계가 모호해지는 것에 대응하기 위한 것이라고 합니다. 실질적으로 바뀌는 것은 기존에 분리되어 있던 저작권위원회와 컴퓨터프로그램보호위원회가 통합된다고 하는군요.

그리고 통합 외에 온라인에서 불법적으로 전송하는 사람 또는 올라오는 게시판을 정지시킬 수 있는 법적 근거를 넣는다고 합니다. 그 부분은 저작권법 133-2에 신설되는데 불법복제물이 올라오면 삭제하고 이용자를 정지하도록 요청할 수 있다고 되어있습니다. 단, 여기서 서비스정지를 해야 하는 서비스 제공자 중에 기간통신사업자가 빠지는데, 인터넷 선만 제공하는 사업자가 불법복제를 하는지 관리를 해야하는 건 힘들어서 뺐다고는 하지만, 검토보고서를 보면 기간망사업자(KT, SK브로드밴드 등)만 인터넷 서비스를 제공하는 것도 아니고, 기간망사업자도 다른 것을 제공하는 경우가 많아서 좀 더 검토를 해 봐야 한다는군요.

이 내용은 진성호의원외 개정안(진성호 현경병 조전혁 강성천 황영철 박선영 김효재 강승규 윤석용 김동성 박준선 유정현)에서도 다룬 것인데, 그 개정안에서는 P2P같은 서비스도 온라인서비스사업자로 추가하는 내용과 위의 133-2를 같이 다루었고, 강승규의원외 개정안과는 다르게 기간망사업자도 대상에 포함되어 있습니다.

변재일의원외 개정안(변재일 양승조 강성종 이춘석 권영길 홍재형 강봉균 안규백 강기갑 이시종 김종률 백원우)은 한미FTA비준을 위해 나온 개정안 세트 중의 일부입니다. 한미FTA의 저작권부분에서도 인정하는 여러 공정한 사용(Fair Use)을 미리 도입하고, 청소년들이 저작권을 잘 모른채로 어겨서 심각하게 처벌되고 가정 문제나 성장 문제까지도 연결되는 것을 막기 위한 안입니다.

가장 눈에 띄는 것은, P2P 업자나 온라인서비스제공자들이 저작권보호를 위해 충분한 장치를 하고 노력한 경우에는 사용자들이 발생시키는 저작권문제에 대해 책임이 없다는 것인데요. 그동안은 사용자들이 저작권을 어기면 서비스제공자도 책임이 있었던 모양입니다. 그리고 "공정한 사용"이 폭넓게 정의가 되었는데요. "통상적인 이용 방법과 충돌하지 아니하고 저작자의 합법적인 이익을 불합리하게 해하지 아니하는 경우에는 저작물의 이용을 가능하게 함."이라고 정의되어서, 지금까지 저작권자에게 해가 없는 경우에도 엄밀하게는 불법적인 사용이 되어 버린 경우가 이제 어느 정도는 합법화가 되었습니다. 위키백과에서 도움이 되지 않을까 싶군요.

또한 청소년들이 자기도 모른채 저작권법을 어기고 5년 이하의 징역까지 받을 수 있었던 문제가 있고, 이걸 악용해서 일부 나쁜 변호사들이 저작권 어기는 사람들 골라다가 협박메일을 보내는 일이 심심찮게 있었는데요. 이제 침해 권리의 소매가가 100만원 이하이면 처벌하지 못하도록 단서가 붙었습니다. 그리고 인터넷 서비스 같은 곳에서 캐싱 목적으로 저작물을 저작권자 동의없이 임시 저장해 두는 것도 이번에 합법화가 되었습니다.

여러 명이 모이면, 사진 찍는 사람이 한 명은 있기 마련이고, 기억에 오래 남습니다. 행사가 끝날 무렵 사진을 모아서 동영상 비슷한 걸 만들어서 같이 보면, 회상도 되고 뿌듯하기도 해서 뭉클해지는데요. 사진 프리젠테이션이 사실을 왜곡하는 게 아닌가 싶을 정도로 강력해서 웬만한 기억은 모두 순식간에 아름다웠던 기억으로 만들어버리는 막강한 힘이 있습니다.

마침 어제도 어학당 마지막 학기를 기념해서 학기 중에 다른 분들이 찍었던 사진들을 모아서 FotoMagico로 음악을 깔아서 보여드렸는데, 다들 반응이 "아니 이랬었나!" 하면서 센티멘탈해진다고 놀랐습니다. :)

팬 & 줌 효과 (켄 번 효과)도 중요하지만 역시 배경음악도 큰 역할을 하는데, 이런 회고용 사진 프리젠테이션 배경음악을 몇 번 골라보니까 좋은 회고 사진 배경음악의 기준이 몇몇 있는 것 같습니다~

• 전반적으로 비슷한 느낌으로 진행돼야 하고, 너무 극적인 전개가 있으면 안 좋다.
• 거북하거나 복잡한 느낌을 남기지 않으려면 코드와 가사가 긍정적인 편이 좋다.
• 전주가 짧아서, 가사가 시작되기 전의 썰렁함이 적어야 좋다.
• 간주가 길어서 가사 부분과 이질적인 시간이 생기면 다른 종류의 사진을 중간에 넣어야 해서 귀찮으니, 그냥 간주가 짧은게 좋다.
• 보컬이 너무 기교있거나 강한 느낌을 주면 사진보다 보컬에 신경이 쓰이기 때문에, 기교 없이 간단하게 부르는 노래가 좋다.
• 체육활동이나 승부와 관련이 있는 행사라면 좀 발랄한 비트도 괜찮다.
• 간단한 멜로디 패턴이 많이 반복되는 형식이면, 중간에 잘라 붙여서 길이 조절하기가 쉬워서 좋고, 모르는 노래라도 프리젠테이션 도중에 익숙해져서 친숙한 느낌을 줄 수 있다.

대충 몇 번 해보지는 않았지만 이런 게 중요했던 것 같습니다. 그래서 제가 써 봤던 배경음악을 소개해 드릴게요~

• 상상 - 송은이: 단순하게 계속 반복돼서 쉽게 친숙해지고 자르기도 정말 쉽고, 목소리도 친근한데다, 아무 행사 사진에 깔아도 아무데나 척척 잘 어울려서 감동도 주고 긍정적인 느낌도 주는 곡~ 원곡은 3분 29초인데, 잘라붙이면 2분 10초, 1분 30초 로도 편집이 가능하고 중간을 반복해서 5분 정도로 늘릴 수도 있습니다. (BioXP 7기 동영상 (글 중간에 있음)에서 사용)
• 비밀의 화원 - 이상은: 창준형이 소개해 준 매우 좋은 회고용 배경음악. 역시 친숙해지기 쉬운 멜로디, 단순한 전개, 희망적 메시지 등 중요 요건을 모두 갖추고 있습니다. 중간에 분위기가 다른 패턴이 몇 번 나오는데, 여기서 다른 사건 뭉치의 사진으로 전환하면 좋습니다.
• 많이 안아 주고 싶어요 - 비누도둑: 비밀의 화원은 좀 부담스러운 분위기도 있긴 한데, 이 곡은 시종일관 사랑스러운 분위기라 긍정적인 분위기 사진만 있을 때 일관적으로 좋은 분위기를 만들 수 있습니다. +_+ 역시 반복이 매우 많아서 길이 조절이 쉽고, 비트가 앞의 두 곡에 비해서 좀 빠른 편이라 화면전환에 대충 동기화하기가 쉽습니다.
• Love - 요조: 마찬가지로 처음부터 끝까지 사랑스러운 분위기이고, 쉽게 친숙해지는 분위기에 아주 따뜻한 느낌을 줍니다. 전주도 기타가 썰렁하지 않고 바로 사진이 나와도 좋은 분위기로 시작해 줍니다. 화기애애한 모임들 배경음악으로 아주 좋습니다.
• Games People Play - Inner Circle: 지루하다 못해 상투적일 정도의 배경음악이기는 하지만, 그래도 전주도 전혀 없는데다 여행이나 야외 활동 사진으로 아무데나 깔아도 정말 잘 어울립니다. 누구나 다 아는 멜로디에, 영어라 가사가 안 들리는 것도 장점이고요. :)
• Signal Song - 라이너스의 담요: 담요 노래는 거의 대부분이 강아지를 안고 부르는 분위기이기는 하지만, 이 곡은 특히 아기나 애완동물 사진 프리젠테이션 배경음악으로 잘 어울립니다. +_+ 다만 0:35 근처까지 전주 부분이 효과음만 나오기에 그 앞을 잘라야 프리젠테이션이 안 썰렁합니다.
• Ready, Get Set, Go! (radio edit) - 페퍼톤스: 사진 부분보다는, 엔딩 크레딧 롤 올릴 때 매우 좋습니다. 엔딩 크레딧 롤(?)은 참가한 사람들 이름이나 간단한 통계, 있었던 사건들 목록 같은 것을 보여주면서 사진과는 또 다른 매우 효과적인 회고용 감동 도구로 쓸 수 있습니다. Radio Edit는 원래 3분 46초인데, 역시 1분 10초, 1분 40초, 2분 20초 정도로 편집할 수 있습니다.

여러분들이 알고 계시는 좋은 사진 프리젠테이션 배경음악은 어떤 게 있나요? 저도 알려주세요~ +_+